Как мы видим из структуры выше, каждая из гипотез имеет цепочку из двух-трёх утверждений, связанных логикой причин и следствий. Гипотезы в формулировках как приведено выше удобны тем, что они могут изолированно использоваться друг от друга. Например, команда может взять в работу две отдельных важных, но не несвязанных с собой гипотезы, а может разделить работу над ними между двумя разными командами.
Вместе с тем, гипотезы могут зацепляться друг за друга связями между тезисом-причиной и тезисом-следствием и создавать тем самым как более длинные цепочки так и ветвления. Цепочки в свою очередь можно состыковывать друг с другом, получая ветви дерева.
Существует уже несколько инструментов, упорядочивающие мышление о текущих проблемных ситуациях на основе логических цепочек, складываемых в деревья. Для примера в Теории решения изобретельских задач (ТРИЗ) это
причинно-следственный анализ (ПСА), а в ТОС —
дерево текущей реальности. Методы похожи тем, что помогают «разматывать» текущую проблемную ситуацию, путём спрашивания «Почему» на каждом из звеньев. Начинают с записи текстового утверждения, отражающего наблюдаемое нежелательное явление. С каждым новым ответом на вопрос «почему» исследователь погружается всё глубже от следствий к причинам, соединяя звенья.
С помощью цепи из причинно-следственных связей можно не только анализировать имеющуюся ситуцию, но и синтезировать логические связи для будущей ситуации. Например, в ТОС существует инструмент
Дерево будущей реальности, где за счёт звеньев-инъекций, вносящих изменения в дерево текущей реальности, можно создавать модель взамосвязей будущей системы.
Имея модель взаимосвязей в будущей систем, становится доступным принимать осмысленные решения о том как усилить или ослабить выборочные из звеньев, чтобы усилить отдельный или группу показателей в системе.